Ein wesentlicher Vorteil der Erstellung von Webanwendungen zur Unterstützung der Standard-Browser-Funktionen besteht darin, dass die Funktionen unabhängig von dem Betriebssystem des Benutzers ausgeführt werden müssen. Anstelle des Schaffens von verschiedenen Versionen für Microsoft Windows, Mac OS X, GNU/Linux und andere Betriebssysteme wird die Anwendung nur einmal für eine willkürlich gewählte Plattform geschaffen und auf dieser bereitgestellt. Unterschiedliche Implementierungen von HTML, CSS, DOM und anderen Spezifikationen in Browsern können bei der Entwicklung von Webanwendungen und bei weiterer Unterstützung zu Problemen führen. Die Fähigkeit des Benutzers, mehrere Browseroptionen (Schriftgröße, Farben, Scriptingdeaktivieren) zu konfigurieren, kann den ordnungsgemäßen Betrieb der Anwendung verhindern.
Andere (weniger universale) Einstellung ist die Anwendung von Adobe Flash, Silverlight und Java-Applet für vollständige und teilweise Implementierung der Benutzerschnittstelle. Da mehrere Browsers unterstützen diese Technologien (typischerweise mit Plugins), können Flash- oder Java-Anwendungen leicht ausgeführt werden. Sie bieten dem Programmierer mehr Kontrolle über die Schnittstelle und können viele Ungereimtheiten in der Browser-Konfigurationen umgehen, obwohl Inkompatibilitäten zwischen Java oder Flash-Implementierungen auf der Client-Seite zu verschiedenen Komplikationen führen kann.
Wegen der Architekturähnlichkeit mit traditionellen Client-Server-Anwendungen gibt es Diskussionen bezüglich der Korrektheit der Klassifizierung solcher Systeme auf die Webanwendungen; eine alternative Begriff „Rich Internet Application“ (englisch Rich Internet Applications).